SICUd se organiza mediante un sistema de gobernanza transparente y participativo, estructurado en:
- Asamblea General, como órgano soberano
- Junta Directiva, responsable de la gestión y estrategia
- Órganos de control y asesoramiento
- Comisiones científicas y técnicas
Todos los órganos actúan conforme a principios de transparencia, rendición de cuentas e integridad científica.